出荷ルールを適用した結果エラーになってしまう場合でも、実行条件を満たしていれば出荷ルールは適用されてしまいます。
CSVアップロードで出荷依頼する場合、出荷ルール適用のルール適用するのチェックを外した状態でアップロードすると、その出荷依頼には出荷ルールが適用されなくなります。
APIから出荷依頼する場合、"apply_rule": false にすることで対象の出荷依頼に出荷ルールが適用されなくなります。
エラーになっている原因の出荷ルールを無効にするか、実行条件を変えることで出荷ルールが適用されない状態にできます。